경주대와의 통합 및 관선이사 중심의 임시이사회 학교운영방식을 두고 서라벌대 교수, 교직원들이 두쪽으로 나뉘어 극심한 갈등을 노출하고 있다.

서라벌대독자생존을 위한 비상대책협의회(이하 비대협)과 교수협의회 및 노조등으로 쪼개진것.

먼저 포문을 연 것은 비대협.
정규직 또는 비정규직 교수,교직원으로 구성된 서라벌대 비대협은 7일 경주시청에서 기자회견을 열고 임시이사회가 일방적인 통폐합을 밀어 붙이려 한다며 운영방식에 문제를 제기했다.

비대협측은 기자회견에서 임시이사회측이 ‘통폐합 아니면 폐교’라는 식의 논리를 펼치며 통합을 밀어 붙이려 한다고 주장했다.

비대협은 “4월4일 이사회에서 총장후보 추전위원을 이사4, 교수2, 직원1, 학생1명등 8명으로 구성키로 의결한뒤 4월25일 이사회에서는 시민사회 대표 1명을 추가해 9명으로 변경했다”며, "이는 절차를 무시하고 과정을 은폐하는 것"이라고 주장했다.
총장추천위원수 변경이 임시이사회가 통합에 찬성하는 인물로 총장으로 선임하려는 의도이며, 이같은 일련의 활동은 통폐합을 밀어붙이기 위한 수순이라는 것이 비대협측의 시각이다. 
향후 경주대와의 통합은 현재 임시이사회가 권한이 없는 만큼 통합에 적극적인 인물로 총장을 선임하려는 포석이라는 것이다.

비대협측은 이어  “서라벌대와 경주대 통합으로 4년제로 변경해도 지금 구조로는 자력으로 대학을 운영하기 어럽고 얼마 지나지 않아 폐교 될 것”이라면서 “일방적인 임시이사회 결정과 양교 구성원들의 합의가 받아 들여지지 않는 통합, 이사회의 일방적이고 물리적인 통합강행에 대해셔는 결코 좌시하지 않겠다”고 밝혔다.
비대협측은 교수, 교직원등 28명이 참여해, 구성원들의 절대적인 지지를 확보하고 있다고 주장했다.

서라벌대교수협의회(이하 교수협),전국대학노조 원석학원지부등은 10일 시청에서 기자회견을 열고 비대협측의 주장을 반박했다.

교수협측은 먼저 현재 임시이사회 운영방식에 지지를 표명했다.
임시이사회가 전례없는 교원간담회를 3회나 실시해 구성원들의 의견을 어느때보다 적극 수렴하고 있으며, 비리사학으로 인식되고 있는 현재의 위기상황을 명확하게 알리며, 학내 모든 구성원들고 함께 개혁을 독려하고 있어 적극 지지한다는 입장을 밝혔다. 
총장추천위원에 구성에 대해서도 사상처음으로 민주적인 제도를 도입했으며, 원석학원 정관으로 적법하고 민주적인 총장선임 절차를 진행하고 있다고 주장했다.

경주대와 통합에 대해서는 찬성입장을 분명히 했다.

교수협은 “서라벌대는 현재 재학생 680명정도로 내실있게 운영되고 있는 것처럼 보이지만, 서라벌대의 독자생존 노력만으로는 향후 학령인구 절벽, 극심해질 산업구조 변화에 대응하기는 불가능에 가깝다”며 “현이사회가 양대학간 통합의 실질적 권한이 없고, 양대학 구성원들이 동의를 해야 추진할수 있다는 발언을 수차례에 걸쳐 했음에도 비대협측은 이를 왜곡하며 무리한 통폐합 추진이라는 억지 주장을 펼치고 있다”고 반박했다.

비대협에 대해서는 구 재단측과 무관하지 않다며 강하게 비판했다. 
아울러 현위기상황 및 대학비리에 대한 책임론도 제기했다.
교수헙측은 “전.현직 본부 보직자들로 구성된 비대협은 구재단(전 이사회) 및 대학비리와 무관하다고 할수 없을 것이며 비정상적인 대학운영으로 현재 위기상황을 초래한 책임도 부안하지 못함에도 기자회견을 하는 것은 적반하장격 행위”라고 비판했다.

한편 교육부는 지난 1월 학교법인 원석학원에 대해 개방이사 1명을 제외한 나머지 7명의 이사를 승인 취소하고 7명의 관선이사를 파견했다. 관선이사 중심의 임시이사회는 지난 4월초부터 현재 경주대 및 서라벌대 총장후보를 공개모집하고 있다.